Windowsマシンで改修したシェルがLinuxサーバで正常に動作しない

事象

Windowsマシンで改修したbashシェルが、Linux環境で上手く動作しない。 

原因

FTPでファイルの送受信をする際の転送モードが適切ではなかった。  

経緯

使用していたFTPソフトの設定の送信モードが自動になっていた。Linuxから元ファイルをダウンロードする際に、ASCIIモードになり、アップロードする際はバイナリモードで送信していた。上記の条件が重なるとLinux側では改行コードではなく文字として認識される。